一般的な回答になりますが，基本的には次のようになります。
（１）契約書には借地期間の定めが無く、おそらく１０年更新で再契約されていくものだと考えていますが、この様な契約書の場合、新借地法では、契約期間の定めがあるのでしょうか？次は更新しないといった場合、どうなるのでしょうか？
　★　契約期間の定めはあるという解釈になる可能性は十分あります。
　　　もっとも，おそらく定期借地契約には該当しないと思われますので，正当事由がない限り，契約更新の拒絶はできません。

（２）２回目の契約期間が過ぎても、プレハブが残っている場合は地主が更新しないといった場合、建物買取請求権は行使できるでしょうか？
　★下記の質問と一緒にお答えします。
（３）契約書には「明け渡し」の項目があり、本契約が期間満了、解除その他の事由により終了した時は本件土地を現状に復して明け渡すものとする。明け渡しに際し、立退料その他一切の金銭上の請求はしないものとする。と明記されていますが、学童の経営を続けたいと考えると、地主が更新しないので、土地を明け渡せとなると、経済的に損失を受けるのですが、どうすれば良いのでしょうか？
　★上記の規定は，基本的に借主に不利な条項ですので，効力を生じないと思われます。ですので，建物買取請求権、立退料等の請求は可能です。立退きに伴う経済的損失についても立退料で考慮されます。

（４）借地料の値上げについても、契約期間が満了しない内に突然、値上げをすると契約更新を求められた場合、どうすればよいでしょうか？
　この場合は，応じる必要はありません。もっとも，賃料増額を求めて貸主側が調停（裁判所を介入させて話し合いをする）を申立てることはありえます。

過失割合については，詳細な事実関係（損傷状況の写真，現場写真，ドライブレコーダーの映像等）を確認しなければなりませんので、見通しという点で回答させていただきます。
相談者の方が右折しようとした車の左後方に，相手方車が接触し，損傷していることからすると，相談者の方の言い分が通る可能性が十分にあると思われます。相手方の任意保険会社は，相手方にとって都合のいい，「優先道路直進車と右折進入車の事故」という部分を取り出しているだけです。
一度相談者の方が契約している保険会社の担当者に意見を伝えてみてはいかがでしょうか。